L’émir Yaqoub Khan se trouvait désormais face à une situation délicate, à la fois vis-à-vis des Britanniques, qui l’accusaient de n’avoir rien fait pour tenter de sauver la mission anglaise, mais aussi face à ses propres sujets qui commençaient à voir d’un mauvais œil ses liens avec les envahisseurs, qui avaient maintenant du sang de civils afghans sur les mains.
Ne voulant pas servir plus longtemps de marionnette à la solde des Anglais, et craignant, à raison, de connaître le sort de Shah Shoja (cf. Première Guerre anglo-afghane), Yaqoub Khan commença à émettre des doutes quant à la pérennité de son pouvoir.
Le 12 octobre 1879, afin d’impressionner les Afghans, le général Roberts organisa un défilé militaire à la fin duquel il ordonna la destruction de la citadelle de Bala Hissar, privant ainsi Yakoub Khan du dernier lieu où son pouvoir s’exerçait encore. Le pauvre émir, ne voulant pas officier dans un château en ruine, décida de faire part à son peuple de sa décision d’abdiquer. C’est ainsi que quelques jours plus tard, le 1er décembre, sous les yeux décontenancés des Anglais, il renonça à son pouvoir. Lui et sa famille se rendirent alors en Inde, devenant pensionnés des Anglais. Il fut rejoint dans son exil par d’autres collaborateurs aux forces d’occupation anglaise et notamment son beau père Sardar Yahya Khan. (Yakoub Khan, considéré comme un traître à sa patrie finit sa vie en exil à Derah Dun, aujourd’hui en Inde, où il mourut en 1923).
Avec ce départ, qu’ils avaient eux-mêmes maladroitement provoqué, les Anglais venaient de perdre l’unique signataire du traité qui avait donné un tant soit peu de légitimité à la présence de leur armée sur le sol afghan. En effet, il est aisé de comprendre l’embarras de la situation pour les diplomates anglais, car après un an de combats, ils se retrouvaient dans une impasse totale. Alors qu’ils avaient envahi l’Afghanistan pour se prémunir des effets d’une extension de l’influence russe sur cette contrée, voilà qu’ils se retrouvaient avec un pays « décapité » entre les mains.
L’émir ayant abdiqué, les tribus reprirent leur autonomie, et par la même occasion, elles exercèrent à nouveau leur pouvoir sur la vie politique afghane, pouvant offrir, en fonction de leurs intérêts, leurs services aussi bien aux Anglais qu’aux Russes. L’échec est d’autant plus cuisant pour les Anglais, que la majorité de leur actions militaires avaient été couronnées de succès. Malgré leurs amères expériences de la Première Guerre, les Anglais n’avaient toujours pas saisi les subtilités de la vie politique afghane. Dans un pays comme l’Afghanistan, le fait d’occuper militairement le terrain ne signifie pas avoir gagner la guerre (les Russes l’apprendront à leur dépend exactement un siècle plus tard).



