L’émir Dost Mohammad eut de son vivant de nombreux fils, dont les plus importants étaient : Mohammad Afzal Khan (1811-1867, gouverneur de Balkh) et Mohammad Azam Khan (1818-1869), les fils de sa première épouse, appartenant à la tribu Bangash, puis d’un second mariage vint la naissance de Mohammad Akbar Khan (1816-1845, chef de la résistance pendant l’occupation anglaise, puis gouverneur de Jalalabad), Ghulam Haidar Khan (1818-1858, gouverneur de Kandahar) et Sher Ali Khan (1825-1879, gouverneur d’Herat), tous nés de sa deuxième femme, une membre de la tribu renommée des Popalzaï. Lorsque l’émir Dost Mohammad eut à choisir un successeur, il ignora son fils aîné et désigna, dans l’ordre, Akbar, Ghulam Haidar et Sher Ali, car ils étaient les fils d’une épouse de naissance plus noble. Akbar Khan fut élevé au rang de Vali Ahad (c’est-à-dire prince héritier) en 1842, après la restauration au pouvoir de son père. En mauvais terme avec son père, il mourut dans de mystérieuses conditions en 1845. Son frère cadet, Ghulam Haidar Khan lui succéda, mais il disparut à son tour en 1858. Sher Ali Khan fut alors désigné par son père pour le remplacer. Dost Mohammad Khan mourut finalement à Hérât en Juin 1863, et conformément à sa volonté, Sher Ali Khan devint le nouvel émir. Les demi-frères de Sher Ali, Mohammad Afzal Khan et Mohammad Azam Khan, se retirèrent respectivement dans leurs fiefs de Balkh et de Khost (Azam Khan quittera peu après la province de Khost pour se réfugier à Rawalpindi au-près des Anglais. Azam Khan avait été le représentant de Dost Mohammad au-près de ces derniers.
L’émir Sher Ali Khan fut presque immédiatement impliqué, après son accession au pouvoir, dans une guerre fratricide l’opposant à son frère, plus âgé, Afzal Khan. En effet, à peine quelques mois après le début du règne du nouveau souverain, Afzal Khan, frère aîné du roi et gouverneur de Balkh, mena une insurrection dans les provinces du Nord, dont il avait la charge. Une lutte féroce eut lieu alors entre les deux fils de Dost Mohammad et de cette tourmente émergea le jeune Abdul Rahman Khan, qui se distingua par son habileté et son courage sur le champ de bataille. Ce dernier, âgé à peine de 20 ans, était le fils d’Afzal Khan.
Les opposants du Nord connurent dans un premier temps un certain succès dans leur avancée militaire, mais ce ne fut que temporaire, et très vite, ils furent dans l’obligation de négocier avec le roi. Afzal Khan reprit finalement les discussions avec son frère, qui accepta de reconnaître sa souveraineté sur le Nord du pays. Pour sceller cette nouvelle alliance, il se rendit au-près de son frère cadet. Mais son fils, le prince Abdul Rahman ne l’entendait lui pas ainsi. Ce dernier ne faisait nullement confiance au maître de Kaboul et bien que son père avait réussi à trouver un terrain d’entente avec l’émir Sher Ali, lui, de son côté, n’était pas disposé à se soumettre à son oncle. Sher Ali était pourtant bien décidé à faire rentrer son turbulent neveu dans le rang, et pour cela il le convoqua séance tenante à Kaboul. Mais le jeune prince, craignant un guet-apens s’enfuit alors au Nord. Il traversa l’Amou Daria et se réfugia à Bokhara, alors que pendant ce temps, son père Afzal Khan fut mis au cachot.
Le prince Abdul Rahman Khan resta en exil jusqu’au moment où il put profiter de l’absence de la capitale de l’émir Sher Ali afin de tenter de renverser son pouvoir. De son refuge de Bokhara, il adressa un courrier à l’armée de Balkh, anciennement sous le commandement de son père, et réussit à rallier à sa cause un grand nombre de soldats déçus par l’attitude de leur nouveau gouverneur. Parallèlement à cela, le prince Abdul Rahman Khan fit parvenir un second courrier à l’attention de son oncle Azam Khan, alors en exil à Rawalpindi, dans lequel il l’invita à le rejoindre dans le Nord de l’Afghanistan via le Badakhshan.
La contre-offensive du prince Abdul Rahman Khan
Peu après, Abdul Rahman Khan traversa l’Amou Daria et comme prévu, il fut rejoint par de nombreux soldats de l’ancienne armée de son père. Peu après les forces d’Azam Khan firent jonction avec celles d’Abdul Rahman Khan et les deux armées prirent la direction de Bamiyan puis du Kohistan, au Nord de Kaboul, où ils prirent contact avec les notables de la capitale. Les troupes du Nord avancèrent alors sur Kaboul. Le fils de Sher Ali, Mohammad Ibrahim, qui avait en charge la capitale, abandonna la capitale en février 1866, préférant s’enfuire à Kandahâr plutôt que de se battre. Entre temps, Sher Ali, de son côté avait réuni autour de lui une armée de 40 000 hommes, composés essentiellement de Kandahâri et d’Hérâti, et partant de l’ancienne capitale afghane, il prit la direction de Kaboul, bien décidé à reprendre la ville. Son armée étant en infériorité numérique, le prince Abdul Rahman Khan savait qu’en cas de confrontation en plaine, il n’avait aucune chance. Pour cette raison, il préféra se replier sur la passe de Saydabad. Dominant les hauteurs des reliefs montagneux, les hommes d’Abdul Rahman Khan parvinrent à maintenir les forces armées de Sher Ali à distance. Ce dernier n’eut d’autre choix que celui de se replier sur Ghaznî (citée située entre Kandahâr et Kaboul), où il fit emprisonner Afzal Khan dans les geôles de la célèbre citadelle de la ville. Peu après, il envoya à nouveau ses hommes à Saydabad afin de tenter d’en déloger Abdul Rahman Khan. L’émir Sher Ali disposait encore de pas moins de 25 000 hommes, alors qu’Abdul Rahman, du haut de ses 22 ans, ne pouvait lui s’appuyer uniquement que sur 7 000 hommes. Mais à nouveau, les troupes de ce dernier l’emportèrent en Mai 1866 et au cours de la bataille ses fidèles prirent le contrôle de Ghaznî, permettant la libération d’Afzal Khan. Sher Ali quant à lui s’enfuit à Kandahâr.
Emir Afzal Khan, le père d’Abdul Rahman Khan, au pouvoir à Kaboul
Afzal Khan, après la fuite de Sher ali à Kandahâr, put enfin monter sur le trône. Etant le fils aîné du grand Dost Mohammad, il n’eut aucune peine à faire reconnaître son autorité par les notables de la capitale. Mais officieusement , le pouvoir résidaient entre les mains de son fils Abdul Rahman et de son frère Azam Khan, ces deux derniers ayant notamment tous les pouvoirs sur le plan militaire, l’émir ayant préférer se concentrer sur les taches administratives. Quelques temps après leur accession au pouvoir, les nouveaux maîtres du pays réussirent à étendre leur influence sur la ville de Kandahâr après la victoire de leurs soldats à Khalat-i Ghilzaï, en 1867, parvenant au passage à dérouter l’armée de Sher Ali, une nouvelle fois. Mais ce dernier conserva néanmoins la ville d’Herat, scindant à nouveau l’Afghanistan en deux.
Au Nord du pays, Faiz Mohammad Khan, un autre frère d’Afzal Khan, profita des luttes entre Abdul Rahman et Sher Ali afin de s’emparer du contrôle de la province de Balkh. Peu après, le renégat apporta son soutien à Sher Ali Khan et les deux frères commencèrent à planifier une offensive, via la vallée du Panshir, sur Kaboul. Le prince Abdul Rahman, averti par ses espions, s’empressa alors de re-mobiliser ses troupes et une fois prêt, il opta pour ouvrir les hostilités avec Faiz Mohammad avant que les renforts conduits par Sher Ali puissent faire jonction avec les troupes insurgées de Balkh. La confrontation eut lieu à Charikar en septembre 1867 et aux cours des combats Faiz Mohammad fut mortellement touché. Sher Ali fut alors à nouveau contraint de rebrousser chemin vers Hérât. A son retour à Kaboul, le prince Abdul Rahman Khan retrouva son père malade, pouvant à peine s’exprimer. Il mourut peu après le 7 octobre 1867.
Les dissensions entre Abdul Rahman Khan et son oncle, l’émir Azam Khan
A la fin de l’année 1867, l’émir Afzal Khan mourut. Au terme de ses funérailles, son frère Azam Khan adressa un courrier au jeune prince Abdul Rahman : « Etant le fils aîné de l’émir Afzal Khan, vous êtes son successeur naturel, et moi je suis dorénavant votre serviteur ». A quoi l’intéressé répondit : « Mon oncle, votre barbe blanche fait que vous ne pouvez être le serviteur de quiconque. Je suis jeune et de ce fait je vous servirai de la même façon que j’ai servi mon père. » Abdul Rahman Khan, avait nourrit pendant un moment l’espoir d’être accepté comme nouvel émir, ayant fait preuve de son courage en arrachant Kaboul et Kandahâr des mains de l’ancien émir. Mais étant trop jeune, il jugea opportun de laisser le trône vacant à son oncle Azam Khan. Le nouvel émir Azam Khan savait pertinemment que tant qu’Abdul Rahman resterait à Kaboul son pouvoir serait fortement limité. Pour cette raison, il prétexta du manque d’ordre dans la province de Balkh pour donner à son neveu la mission de la sécuriser. Abdul Rahman eut beau prétexté que sa présence était nécessaire à Kaboul pour empêcher toute tentative de rébellion de la part des fidèles de Sher Ali, son oncle ne voulut rien entendre. La mort dans l’âme le prince Abdul Rahman se rendit au Nord du pays, il fut aussitôt remplacé dans ses fonctions par le fils aîné d’Azam Khan. Peu après, afin de surveiller Abdul Rahman, Azam Khan envoya au-près de lui Mohammad Ismail Khan, un de ses neveux.
C’est dans ces conditions qu’Abdul Rahman s’employa à sécuriser les provinces du Nord. La tâche fut plus compliquée que prévue car, en son absence, Sher Ali en avait profité pour vendre ces territoires aux différents mirs de Balkh. Ces derniers s’étaient aussitôt employé à piller les habitations des Afghans. Au cours de sa mission, le prince afghan prit successivement le contrôle du Tashkurgan, de Mazar et de Taktapul, pour cela il dut assiéger les citadelles des mirs (titre de noblesse d’origine turque) de ces différentes villes, qui s’enfuirent alors à Bokhara. Au terme de ces campagnes, Abdul Rahman fit à nouveau part à son oncle de ses craintes, en son absence, d’une offensive de Sher Ali sur Kandahâr. A nouveau, l’émir Azam Khan lui refusa la permission de rentrer à Kaboul et lui intima l’ordre de prendre possession de Maïmana. Le jeune prince, la mort dans l’âme, obéit à son oncle et se mit aussitôt en route. Mais comme il fallait s’y attendre, à peine avait il atteint les environs de Maïmana qu’un courrier lui parvint de Kaboul l’informant que le fils de Sher Ali, le prince Mohammad Yaqub Khan (1849-1923), marchait actuellement sur Kandahâr, ayant auparavant pris le contrôle de la ville de Larah. Azam Khan lui demanda alors d’envoyer la moitié de ses hommes à Kaboul, le reste de ses troupes devant poursuivre le siège de Maïmana. Abdul Rahman lui répliqua qu’il l’avait prévenu et que, dans les conditions actuelles, il lui était impossible de se séparer de la moitié de son armée. Il fit ériger alors un camp non loin de la citée et peu après, il reçut une nouvelle lettre lui annonçant la défaite du fils d’Azam Khan, Mohammad Aziz Nadir Khan, le gouverneur de Kandahâr. Yaqub Khan venait en effet de s’emparer de l’ancienne capitale afghane et avait fait enfermé le gouverneur dans les geôles de la citée. Le retour de l’autorité de l’ancien émir, Sher Ali, sur cette ville fut grandement facilité par une rébellion en sa faveur, les soldats et habitants de Kandahâr ayant mal supporté l’autoritarisme d’Azam Khan. Azam, de son côté, se bornant toujours à refuser que son neveu le rejoigne à Kaboul, lui ordonna à nouveau d’ envoyer la moitié de ses troupes vers la capitale. Abdul Rahman refusa et poursuivit avec succès le siège qu’il avait entamé. En effet, le mir de Maïmana, après quelques atterrements, céda et vint finalement payer tribut au prince Abdul Rahman Khan en Mai 1868. Mais quelques temps plus tard, la défection de Mohammad Ismail Khan, le neveu et homme de main d’Azam Khan, fit basculer la situation. Le traître avait refuser de prendre part à la défense de Kaboul et sa défiance alla même jusqu’à profiter quelques jours plus tard d’un déplacement d’Azam à Ghaznî pour entreprendre le siège de la capitale, épaulé en cela par des sardars du Kohistan. En l’absence de réel résistance, il parvint à investir le palais royal de Kaboul et proclama alors Sher Ali émir. Azam Khan, pris de court, s’enfuit alors via le Hazarajat et rejoint le prince Abdul Rahman Khan au Nord de l’Afghanistan. Les deux hommes préparèrent alors une contre offensive, mais à nouveaux leur deux point de vue s’affrontèrent. Azam Khan désirait reprendre Kaboul le plus rapidement possible afin de ne pas laisser le temps de se préparer à ses ennemis. De l’autre côté, Abdul Rahman Khan aurait préféré attendre le printemps avant de lancer une offensive. Ses hommes ayant été exténués par la campagne contre les mirs du Nord de l’Afghanistan, le jeune prince savait que la rigueur de l’hiver afghan aurait immanquablement causé de nombreuses pertes parmi ses troupes. Comme à son habitude, Azam Khan imposa sa décision et ils prirent donc la direction de Bamiyan, puis de Ghaznî afin d’affronter Sher Ali. Mais cette fois-ci, Sher Ali Khan les prit de court et lança immédiatement une offensive contre eux. Du fait du manque d’entente entre Azam et Abdul Rahman, la coordination entre les différentes composantes de leur armée en souffrit et Sher Ali n’eut cette fois pas de mal à les défaire à Zanah Khan, près de Ghaznî, en Janvier 1969. Il put ainsi devenir à nouveau maître de tout le territoire afghan. Azam Khan et Abdul Rahman s’enfuirent en Perse, via le pays des Waziri. Azam Khan y mourut en Octobre 1869. Quand à Abdul Rahman Khan, il rejoint Samarkand pour 11 ans d’exil.
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