A peine l’émir Abdul Rahman Khan venait-il de prendre le contrôle de Kaboul, que déjà, il devait se préparer à livrer bataille, sans avoir eu vraiment le temps d’organiser son armée. La situation de sa capitale était désastreuse. Les Anglais avaient fait raser le palais royal et le chaos régnait dans la ville.

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Mohammad Ayoub Khan, héros de la résistance afghane à l’envahisseur anglais, et ennemi politique de l’émir Abdul Rahman
Une citation de l’émir résume bien la situation : « Lorsque j’accéda pour la première fois sur le trône de Kaboul, ma vie n’était pas un lit de roses. Au contraire, j’étais submergé de difficultés de toutes sortes. Ainsi commença une véritable lutte contre ma propre famille, mes sujets et mon peuple. »
Ayoub Khan, le cousin d’Abdul Rahman Khan, après avoir été défait à Kandahâr se replia vers son fief d’Hérât et se lança aussitôt dans la préparation d’une nouvelle offensive. Il n’était en effet pas disposé à laisser le pouvoir à son cousin et n’avait donc pas d’autre choix que de s’emparer de Kandahâr, ce qui lui permettrait de s’ouvrir la voie vers Kaboul.
La situation était clairement en faveur d’Ayoub Khan :
Il disposait premièrement d’une plus grande armée.
En outre, de nombreux chefs religieux le soutenaient et pour cela ils proclamèrent la guerre sainte contre l’émir Abdul Rahman Khan.
De nombreux officiers de l’armée de Kaboul étaient ouvertement en faveur d’Ayoub Khan, l’émir Abdul Rahman Khan étant à leurs yeux trop souples vis-à-vis des Anglais.
Ayoub Khan quitta donc Hérât et prit de nouveau la direction de Kandahâr. Il laissa son fief entre les mains de Musa Jan, le fils aîné de l’ancien émir Yakoub Khan, ainsi qu’à Loinab Khush Dil.
De son côté, l’émir Abdul Rahman se devait de réunifier la totalité du territoire afghan. Il avait bien en tête le plan de s’emparer d’Hérât, mais il ne pensait pas que les évènements aller se précipiter aussi rapidement. Voilà comment, il dut se préparer à affronter Ayoub Khan sans avoir pu véritablement organiser ses forces armées, mais l’émir lui même préféra rester à Kaboul craignant pour la sécurité de la capitale.
Leur premier affrontement eut lieu en Juillet 1881 à Girishk, non loin de Kandahâr, et se solda logiquement par une défaite des soldats de l’émir Abdul Rahman Khan. Au passage, quelques régiments de son armée désertèrent afin de rejoindre les rangs de celle d’Ayoub Khan.
La réaction de l’émir ne se fit pas attendre, il prit lui même la tête de ses troupe et partant de Kaboul, il marcha alors sur Kandahâr, laissant la capitale sous la garde de son fils Habibullah Khan épaulé de Parwana Khan, son homme de confiance. Entre temps, il ordonna au général Abdul Quddus Khan, basé au Turkestan afghan, d’attaquer Hérât par le Nord. La ville fut prise le 2 octobre 1881. A Kaboul, il prit la peine de faire éliminer tous ceux qui avaient laissé transparaître un quelconque soutien à son cousin récalcitrant et notamment le plus célèbre d’entre eux, Mohammad Jan Wardak, un des puissants chefs de la résistance afghane, fut victime d’un complot lors d’un déplacement à Mazar-i Sharif.
Le second affrontement eut lieu le 22 septembre 1881. Devant les hésitations d’Ayoub Khan, Abdul Rahman Khan prit les devant et ouvrit les hostilités. La grande erreur d’Ayoub fut de ne pas prendre lui-même part aux combats, mais de superviser ses hommes à partir des hauteurs de Chil Zina. Cela entraîna un manque de confiance de ses soldats en leur chef. Malgré cela, aucune des deux armées ne prit véritablement le dessus jusqu’à que les quatre régiments anciennement appartenant à l’infanterie d’Abdul Rahman défaite à Girishk, et qui avaient déserté afin d’incorporer l’armée d’Ayoub, changèrent à nouveau de camp. C’était usuel en Afghanistan : les soldats changeaient de camp en fonction de leurs intérêts, le camp du vainqueur étant par définition toujours le meilleur. Les quatre régiments se rendant compte que la balance penchait dorénavant en faveur du souverain de Kaboul, ils retournèrent le canon de leurs fusils en direction du principal corps d’armée d’Ayoub dont les partisans furent alors rapidement mis en déroute.
Ayoub Khan tenta de se replier sur Hérât, mais que fut sa surprise de constater que la ville avait été assiégée en son absence par l’armée d’Abdul Rahman. Il se réfugia alors en Iran (il y vécu quelques années avant de rejoindre l’Inde, où il mourut en 1914 dans la ville de Lahore). Triste sort pour Mohammad Ayoub Khan, lui le grand résistant qui défit les Anglais sur le champ de bataille mais qui avait le désavantage d’être un piètre politique.
En éliminant la menace représentée par son propre cousin, Abdul Rahman fit un grand pas vers la réunification de l’Afghanistan.

