Après le départ des Anglais de Kaboul, les querelles intestines reprirent vite le dessus. Les chefs de tribu, jaloux de l’ascendant du prince Akbar Khan se rapprochèrent de Shah Shoja et lui fournirent l’occasion de se racheter en prenant la tête des troupes chargées d’expulser les Anglais de Jalalabad. Aminullah Logari lui tint notamment ces mots : « Si tu es Afghan, si tu es musulman, allie toi au représentants du peuple, en tant que roi met toi à nos côtés et allons nous battre à Jalalabad ». Le roi hésita longtemps, craignant de tomber dans un piège dès qu’il sortirait de son abri de Bala Hissar, avant finalement d’accepter. Zaman Khan (aucun lien avec l’ex-roi Zaman Shah), un membre du clan des Barakzaï, qui avait été nommé à la tête du Majlis-i Milli par les insurgés lors des émeutes de Kaboul avant de s’imposer comme Premier ministre de Shah Shoja (avec en sorte le rôle de régent) jura alors au roi que les Barakzaï lui seraient fidèles.
Le 4 Avril 1842, Shah Shoja, rassuré, endossa son uniforme d’apparat et fut conduit en palanquin au camp de l’armée afghane, situé sur les hauteurs dominant la route de Jalalabad, quand soudain des coups de feu éclatèrent : une des balles toucha Shah Shoja et le tua sur le coup. La nouvelle se répandit très vite à travers le pays, d’où le commentaire cynique d’un Kabouli : « Le Lord Shoja a rejoint son ami Macnaghten ». L’assassin n’était autre que le propre fils du ministre Zaman Khan, qui, portant lui aussi le nom de Shoja, passait pour être le filleul du roi assassiné (il reçut pour cet acte quelques temps plus tard le titre de Shoja ud-Dawla). Dans l’atmosphère de haine et de vengeance qui régnait alors dans la capitale afghane, la bonne volonté du Premier ministre, scellé par sa promesse, n’avait pas même résisté au respect filial.
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